Редуктор снимать не надо.
Когда ставишь автомат, то между маховиком и гидротрансформатором остается зазор, через отверстия маховика, как писали выше, отверткой прокручиваешь транс и совмещаешь отверстия.
При сноровке, если сразу правильно выставляешь отверстия, то после прикручивания автомата к двигателю ничего уже совмещать не надо.

Пожалуйста можно подробнее , про так это откидываешь автомат?. У меня такая ситуация- от двигателя все откручено, но я не могу отсоединить двигатель от акппп. Из ответа на эту тему получается ,что надо акпп от мотора откидывать. А нельзя двигатель от акпп отсоединить?

Я вот не давно снимал и ставил движок краном гаражным. Коробку и редуктор вообще трогать не надо. Я открутил только переднюю часть переднего кардана, что бы удобно было работать под машиной.Снял часть глушителя. Авто стояло на козликах. Для удобства монтажа ,я пометил маркером как стоял бублик или как он правильно называется? Так же пронумеровал все шланчеки и фишки и сфотал все. Процес сборки упростился в сто раз.